5 Сезон
На Землю прилетает космический корабль, вторым потоком метеоритного дождя, разрушая половину Смолвилля. Двое криптонцев (мужчина и женщина) — слуги некоего генерала Зода — прибыли сюда, чтобы отомстить сыну Джор-Эла… Тем временем на Северном полюсе кристалл создает ледяной замок — Крепость Одиночества.
Кларк вступает в поединок со слугами Зода, которые пытаются отправить его в Фантомную Зону — потустороннюю тюрьму. В последний момент Кларку удается одолеть криптонцев и отправить в Фантомную Зону их самих. Джор-Эл лишает сына сил за то, что тот не вернулся в Крепость Одиночества, чтобы начать обучение.
Лекс, подозревая наличие у Кларка суперспособностей, организует побег трех метеоритных фриков, которые берут в заложники родителей Кларка и Лану. Кларку удается одолеть их без своих сил. Догадавшись, что побег был подстроен Лексом, он приходит к нему в дом, и между ними завязывается драка. Лекс убеждается в том, что Кларк — обычный человек и между ними дружба заканчивается (а была ли она вообще? Кларк считал Лекса своим другом, а Лекс только притворялся для что бы узнать его тайну).
Лана и Кларк проводят ночь вместе, но вскоре Кларк погибает от рук психопата, который собирается уничтожить Смолвилль ядерным ударом. Джор-Эл воскрешает сына и возвращает ему силу, но предупреждает, что взамен один из дорогих Кларку людей умрет.
Кларк учится в университете, где его преподавателем и противником в сезоне является вестник Зода Милтон Файн, он же Бренниак. Выдавая себя за криптонца, Файн входит в доверие к Кларку и едва не выпускает Зода из Фантомной Зоны, но благодаря Хлое Кал-Эл одерживает победу над Файном.
Лекс Лютор и Джонатан Кент баллотируются в сенаторы. Кларк открывает свою тайну Лане, показывая ей Крепость Одиночества, и свои способности. Там же он делает ей предложение. И вечером она даёт своё согласие и говорит о своей любви. Лекс проигрывает в выборах и звонит Лане, она приезжает, разговор заканчивается ссорой и она уезжает. Лана едя по шассе не справляется с управлением и погибает. Кларк приходит в Крепость Одииночества и просит вернуть Лану, он возвращается в прошлое, чтобы не допустить ее смерти, но вместо Ланы от сердечного приступа умирает Джонатан Кент. Некоторое время Лана и Кларк встречаются, он ей не рассказывает о себе и между ними по прежднему есть тайна. Позже Лана начинает встречаться с Лексом. Лайонел Лютор узнаёт секрет Кларка и становится оракулом Джор-Эла.
Возродившийся Милтон Файн наделяет Лекса силой криптонца, чтобы использовать его тело в качестве сосуда для Зода. Джор-Эл велит Кларку убить Лекса, но вместо этого он уничтожает Файна, не подозревая, что тем самым освобождает Зода и позволяет ему вселиться в Лекса. Генерал Зод отправляет Кларка в Фантомную Зону.
